最高检强调，对民营企业的经营行为，法律和司法解释没有作出明确禁止性规定的，不得以非法经营罪追究刑事责任。
一是严格按照刑法规定理解和适用非法经营罪中的“违反国家规定”，“违反国家规定”是指违反全国人民代表大会及其常务委员会制定的法律和决定，国务院制定的行政法规、规定的行政措施、发布的决定和命令。
二是严格按照法律和司法解释，慎用刑法第二百二十五条第四项“其他严重扰乱市场秩序的非法经营行为”的兜底条款，对于法律和司法解释没有明确规定，办案中对是否认定为非法经营行为存在分歧的，应当作为法律适用问题向最高人民检察院请示。
三是严格把握认定标准，坚决防止以未经批准登记代替“违反国家规定”的认定。